Muy interesante es el caso de los orígenes de Atapuerca. La voz Atapuerca (Adtaporka) es empleada por primera vez el año 963 (donación de Orbaneja a Cardeña) para referirse a la Sierra. En documentos posteriores (1068 y 1071) el mismo nombre sirve para designar un amplio territorio, que incluía el valle donde tiene lugar la batalla de 1054, y varios pequeños poblados muy próximos entre sí: Quintana, Santa María de Barruelo y el propiamente de Atapuerca que quedaría situado en el altozano de La Revilla sobre Fuente Cubillo, cada cual con su término propio y su pequeña iglesia. Ninguno de los tres coincide exactamente con la ubicación del actual pueblo de Atapuerca. Este se halla situado en un punto intermedio y es el resultado de un proceso de concentración del hábitat de esos tres primeros lugares (La Revilla, Quintana y Santa María de Barruelo); un proceso de concentración iniciado seguramente después de que se instalara allí la Orden militar de San Juan de Jerusalén (reina Urraca 1109-1126, y fuero señorial de 1138), y se levantara la iglesia de San Martín que de ese modo actúa de elemento integrador de los tres poblados de las inmediaciones; un proceso de concentración, por cierto, aún no concluido si tenemos en cuenta la escasa compactación --incluso desorden-- que muestra el caserío antiguo.
SANTA MARÍA DE BARRUELO, despoblado probablemente hace unos 500 años, con restos posteriores en una ermita con advocación de Santa María Egipciaca (Suciaca,) se hallaba situado en el término de Atapuerca, a unos 500 mts. en dirección a Olmos, junto a una fuente en el pago de Barriuelo. Desconocemos los momentos iniciales. En el siglo XV pertenecía a la jurisdicción del cabildo catedralicio de Burgos que, además de la ermita, poseía un patrimonio de 20,5 fanegas de sembradura.
QUINTANA, por su parte, se hallaba situada a unos 1000 mts. de Atapuerca, dirección noroeste, en el pago conocido como La Quintana. Esta aldea es citada ya en el año 1071 como Quintana de Atapuerka. En 1146 el rey Alfonso VII entrega su jurisdicción y gobierno al Monasterio de Nuestra Señora de Villalbura (entre Arlanzón e Ibeas). A finales del siglo XV estaba ya despoblada y sus tierras comunales dadas a censo al concejo de Atapuerca por 140 fanegas de pan mediado (trigo/cebada) y seis gallinas anuales para el monasterio.
OLMOS
La primera referencia escrita se remonta al año 1047, aunque es muy probable que existiera ya cien años antes por lo menos. En 1138 se cita en el fuero de Atapuerca al señalar las mojoneras que separaban ambos términos. En adelante las citas serán frecuentes.
La peculiaridad de Olmos medieval es que se trata de una villa de behetría, la única de toda la zona. Eso significa que, mientras en las demás localidades el señor que detentaba la jurisdicción era un señor privado (un monasterio, un obispo, un noble laico, una orden militar…) en Olmos la jurisdicción se mantuvo en la órbita de la Corona. Aunque no le faltaron señores con fuerte presencia en cuanto propietarios de tierras. En 1352 disfrutaban de cierto poder en ella miembros de las grandes familias de la nobleza castellana como los Lara, Haro, Manrique, Velasco o Carrillo, y, más tarde, otras instituciones eclesiásticas de la ciudad de Burgos.
Desde que se abre el Camino de Santiago por la ladera norte de la Sierra, a raíz de la fundación del monasterio y alberguería de San Juan de Ortega, a mediados del siglo XII, Olmos será lugar de paso del camino, en la medida en que fue siguiendo el curso del río Vena, por el llano y a media ladera, en dirección a Rubena, otro hito importante de ese mismo camino en la Edad Media. La erección de la iglesia de Santa María a finales de la Edad Media en el lugar donde se encuentra actualmente, quizás por traslado de una ubicación previa en el entorno de Santa Ana, manifestó en su momento la fuerza de atracción de dicha ruta.
Luis Martínez